依托河海大学、皖江工学院的师资力量在南京成立了南京皖工高新技术研究院有限公司作为学校的产学研机构，开展水利行业新技术新设备的技术研发与科研工作，主要进行从事科学研究、技术研发、技术服务、技术推广和研究生培养。第一期拟建设3-4个研究所，后期发展到6-8个研究所，目前正在组建顾问咨询团队，包含教授级高工多人，今后，强大的咨询团队将为皖工高新技术提供技术保障，同时为学生提供专业指导。